Nach der schrecklichen Nachricht des überraschenden Todes von Teamchef Stefan Kiefer wird sein Team um Dominique Aegerter und Tarran Mackenzie nicht am Malaysia-GP teilnehmen. Dimas Ekky aus Indonesien ersetzt beim Malaysia-GP den verletzten Jorge Navarro auf der Kalex des Teams Federal Oil Gresini. Tom Lüthi setzte sich zu Beginn des nassen FP2 vor Franco Morbidelli an die Spitze. In der Gesamtwertung trennen Lüthi 29 Punkte von WM-Leader Morbidelli. Tetsuta Nagashima stürzte und blieb nach seinem Highsider schmerzverzerrt im Kiesbett von Kurve 3 sitzen. Auch Axel Pons ging zu Boden. Augusto Fernandez aus dem Speed Up-Team stürzte in Kurve 9. Mit 1:25,297 min lag Tom Lüthi zur Halbzeit vor Tech3-Pilot Xavi Vierge, Lorenzo Baldassarri und KTM-Pilot Miguel Oliveira an der Spitze. Mit 2:24,849 min verdrängte Oliveira auf der KTM Tom Lüthi von Platz 1. Der Portugiese war 0,448 sec schneller als Lüthi. Doch der Schweizer konterte mit 2:24,139 min. Dimas Ekky stürzte in Kurve 1. In der letzten Minute stürmte Alex Márquez mit 2:24,074 min an die Spitze vor Oliveira, Baldassarri und Lüthi. Alex De Angelis stürzte. Die Suter-Piloten Sandro Cortese und Marcel Schrötter lagen innerhalb der Top-10. Der Endstand des zweiten Moto2-Trainings: 1. Alex Márquez (Kalex) 2:24,074 min 2. Lorenzo Baldassarri (Kalex) +0,034 sec 3. Miguel Oliveira (KTM) +0,065 4. Tom Lüthi (Kalex) +0,585 5. Xavi Vierge (Tech3) +0,949 6. Franco Morbidelli (Kalex) +0,965 7. Luca Marini (Kalex) +1,015 8. Sandro Cortese (Suter) +1,894 9. Marcel Schrötter (Suter) +1,918 10. Mattia Pasini (Kalex) +1,996 Ferner: 19. Jesko Raffin (Kalex) +3,538 sec