Auf dem nassen Twin Ring Motegi hatten die MotoGP-Stars 20 Minuten Zeit, um ihre Maschinen an die veränderten Verhältnisse anzupassen. In den trockenen Trainings und im Qualifying hatte Yamaha-Pilot Jorge Lorenzo dominiert. Er wird von der Pole-Position starten. Valentino Rossi brauste vor den anderen MotoGP-Assen als Erster auf die Strecke. Nach nur einer Runde kehrte er, wie die meisten anderen Fahrer auch, an die Yamaha-Box zurück und wechselte auf die zweite Maschine. Ducati-Pilot Andrea Iannone setzte sich mit 1:59,281 min vor Mike di Meglio, Andrea Dovizioso und Yonny Hernandez an die Spitze. Bald stand der Silverstone-Zweite Danilo Petrucci auf Platz 1, doch er wurde von den Stars Dovizioso, Lorenzo, Pedrosa und Rossi verdrängt. Stefan Bradl lag auf Platz 23. Die Spitze war hart umkämpft, die Positionen änderten sich ständig. Am Ende lag Honda-Pilot Dani Pedrosa 0,261 sec vor Jorge Lorenzo. Dahinter folgten Valentino Rossi, Andrea Iannone, Andrea Dovizioso und Aleix Espargaró. Stefan Bradl landete auf dem 24. Platz.