Warm-up: Stefan Bradl stürzt, Márquez 1.
Stefan Bradl hielt sich im Warm-up auf Platz 7, doch am Ende stürzte er
Marc Márquez, der in Motegi seinen WM-Titel verteidigen kann, schnappte sich nach wenigen Minuten Platz 1. Doch Yamaha-Pilot Jorge Lorenzo löste ihn umgehend ab. Am Samstag hatte Márquez Lorenzo als den schnellsten Piloten für das Rennen bezeichnet, obwohl er nur Startplatz 5 erreichte.
Márquez setzte sich wieder an die Spitze und verbesserte seine Zeit mehrmals. Lorenzo lag als Zweiter ganze 0,622 sec zurück. Neun Minuten vor Schluss tauchte Stefan Bradl auf Platz 4 auf. Er betonte bereits am Samstag, dass seine Pace besser ist, als es Startplatz 9 vermuten lässt.
Sechs Minuten vor Schluss stürzte Open-Honda-Pilot Nicky Hayden. Der Amerikaner blieb jedoch unverletzt und kehrte auf einem Roller in die Aspar-Box zurück. Márquez führte weiterhin mit 0,492 sec Vorsprung auf Lorenzo. Ducati-Pilot Andrea Dovizioso verdrängte Bradl auf Platz 5.
In den letzten Sekunden des Warm-ups versenkte Stefan Bradl seine LCR-Honda noch im japanischen Kies. Er fuhr über einen Curb und stürzte. Der Deutsche blieb unverletzt und kehrte mit seiner Maschine in die Box zurück.
Ende des Warm-ups: Márquez liegt mit 1:45,217 min an der Spitze. Hinter ihm reihen sich Jorge Lorenzo, der 0,492 sec verlor, Andrea Iannone, Valentino Rossi, Dani Pedrosa, Andrea Dovizioso und Stefan Bradl ein. Der Deutscher büßte 0,837 sec auf Márquez ein.