Trotz eines Sturzes gelingt Daniel Pedrosa die Bestzeit im Qualifying der MotoGP. Casey Stoner und Andrea Dovizioso komplettieren die erste Startreihe.
Daniel Pedrosa (Repsol Honda Team) dominierte die freien Trainings in Sepang. Doch im Qualifying stürzt der 26-jährige Spanier früh über das Vorderrad und muss einen ausserplanmässigen Boxenstopp einlegen.
Andrea Dovizioso (Repsol Honda Team), Marco Simoncelli (San Carlo Honda Gresini), Daniel Pedrosa (Repsol Honda Team), Casey Stoner (Repsol Honda Team) und Hiroshi Aoyama (San Carlo Honda Gresini) gelingen die ersten konkurrenzfähigen Zeiten.
Pedrosa greift bei Halbzeit wieder in das Geschehen ein und steht nur wenig später an der Spitze der Zeitenliste. Dovizioso behauptet sich auf dem zweiten Rang. Alvaró Bautista (Rizla Suzuki MotoGP) ist Dritter vor Simoncelli, Stoner, Aoyama, Colin Edwards (Monster Yamaha Tech 3), Nicky Hayden (Ducati Team), Valentino Rossi (Ducati Team) und Randy de Puinet (Pramac Racing Team).
Simoncelli und Hayden gehen an Bautista vorbei und übernehmen die Plätze 3 und 4. Valentino Rossi stürzt und verliert wichtige Zeit, bis er das Qualifying wieder aufnehmen kann. Zehn Minuten vor Schluss liegt Dovizioso erneut auf der ersten Position, wird aber nur wenig später von seinem Teamkollegen Casey Stoner verdrängt.
In der Schlussphase stürzt der angeschlagene Ben Spies (Yamaha Factory Racing) und fällt auf den 16. Platz zurück. Die Rundenzeiten werden vorn noch einmal schneller. Die drei Honda-Werkspiloten liefern sich einen sehenswerten Kampf um die Pole-Position, den letztendlich Pedrosa mit einer Zeit von 2:01,462 Minuten zu seinen Gunsten entscheidet.
Hinter Stoner und Dovizioso holt sich Colin Edwards den vierten Startplatz.Simoncelli eröffnet die zweite Startreihe vor Hayden, Aoyama und Bautista. Für die Plätze 9 bis 12 qualifizieren sich Cal Crutchlow (Monster Yamaha Tech 3), Rossi, de Puinet und Karel Abraham (Cardion AB Motoracing).